TSD NM 000520.3 NM 000520.4 NW
From Bioinformatikpedia
######################################## # Program: needle # Rundate: Fri 8 Jun 2012 18:47:08 # Commandline: needle # -auto # -stdout # -asequence emboss_needle-I20120608-184707-0081-96577159-pg.asequence # -bsequence emboss_needle-I20120608-184707-0081-96577159-pg.bsequence # -datafile EDNAFULL # -gapopen 10.0 # -gapextend 0.5 # -endopen 10.0 # -endextend 0.5 # -aformat3 pair # -snucleotide1 # -snucleotide2 # Align_format: pair # Report_file: stdout ######################################## #======================================= # # Aligned_sequences: 2 # 1: NM_000520.3 # 2: NM_000520.4 # Matrix: EDNAFULL # Gap_penalty: 10.0 # Extend_penalty: 0.5 # # Length: 2437 # Identity: 2318/2437 (95.1%) # Similarity: 2318/2437 (95.1%) # Gaps: 117/2437 ( 4.8%) # Score: 11582.0 # # #======================================= NM_000520.3 1 -------------------------------------------------- 0 NM_000520.4 1 AGTTGCCGACGCCCGGCACAATCCGCTGCACGTAGCAGGAGCCTCAGGTC 50 NM_000520.3 1 -------------------------------------------------- 0 NM_000520.4 51 CAGGCCGGAAGTGAAAGGGCAGGGTGTGGGTCCTCCTGGGGTCGCAGGCG 100 NM_000520.3 1 -----------------ACGTGATTCGCCGATAAGTCACGGGGGCGCCGC 33 ||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 101 CAGAGCCGCCTCTGGTCACGTGATTCGCCGATAAGTCACGGGGGCGCCGC 150 NM_000520.3 34 TCACCTGACCAGGGTCTCACGTGGCCAGCCCCCTCCGAGAGGGGAGACCA 83 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 151 TCACCTGACCAGGGTCTCACGTGGCCAGCCCCCTCCGAGAGGGGAGACCA 200 NM_000520.3 84 GCGGGCCATGACAAGCTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAG 133 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 201 GCGGGCCATGACAAGCTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAG 250 NM_000520.3 134 CGTTCGCAGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAA 183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 251 CGTTCGCAGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAA 300 NM_000520.3 184 ACCTCCGACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTA 233 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 301 ACCTCCGACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTA 350 NM_000520.3 234 CGATGTCAGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCT 283 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 351 CGATGTCAGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCT 400 NM_000520.3 284 TCCAGCGCTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCT 333 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 401 TCCAGCGCTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCT 450 NM_000520.3 334 TACCTCACAGGGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTCTC 383 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 451 TACCTCACAGGGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTCTC 500 NM_000520.3 384 TGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGAGA 433 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 501 TGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGAGA 550 NM_000520.3 434 ATTATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCCTCTCTGAGACT 483 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 551 ATTATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCCTCTCTGAGACT 600 NM_000520.3 484 GTCTGGGGAGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTTAGCCAGCTTGTTTGGAA 533 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 601 GTCTGGGGAGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTTAGCCAGCTTGTTTGGAA 650 NM_000520.3 534 ATCTGCTGAGGGCACATTCTTTATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTC 583 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 651 ATCTGCTGAGGGCACATTCTTTATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTC 700 NM_000520.3 584 CCCGCTTTCCTCACCGGGGCTTGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTG 633 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 701 CCCGCTTTCCTCACCGGGGCTTGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTG 750 NM_000520.3 634 CCACTCTCTAGCATCCTGGACACTCTGGATGTCATGGCGTACAATAAATT 683 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 751 CCACTCTCTAGCATCCTGGACACTCTGGATGTCATGGCGTACAATAAATT 800 NM_000520.3 684 GAACGTGTTCCACTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGA 733 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 801 GAACGTGTTCCACTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGA 850 NM_000520.3 734 GCTTCACTTTTCCAGAGCTCATGAGAAAGGGGTCCTACAACCCTGTCACC 783 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 851 GCTTCACTTTTCCAGAGCTCATGAGAAAGGGGTCCTACAACCCTGTCACC 900 NM_000520.3 784 CACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCT 833 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 901 CACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCT 950 NM_000520.3 834 CCGGGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGT 883 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 951 CCGGGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGT 1000 NM_000520.3 884 CCTGGGGACCAGGTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCTGGGTCT 933 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1001 CCTGGGGACCAGGTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCTGGGTCT 1050 NM_000520.3 934 GAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAATACCTA 983 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1051 GAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAATACCTA 1100 NM_000520.3 984 TGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCCCAGATT 1033 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1101 TGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCCCAGATT 1150 NM_000520.3 1034 TTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTGGAAGTCC 1083 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1151 TTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTGGAAGTCC 1200 NM_000520.3 1084 AACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGGCTTCGGTGAGGACTT 1133 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1201 AACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGGCTTCGGTGAGGACTT 1250 NM_000520.3 1134 CAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTT 1183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1251 CAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTT 1300 NM_000520.3 1184 CTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTA 1233 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1301 CTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTA 1350 NM_000520.3 1234 AAGATTCAGCCAGACACAATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGT 1283 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1351 AAGATTCAGCCAGACACAATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGT 1400 NM_000520.3 1284 GAACTATATGAAGGAGCTGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCC 1333 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1401 GAACTATATGAAGGAGCTGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCC 1450 NM_000520.3 1334 TTCTCTCTGCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGG 1383 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1451 TTCTCTCTGCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGG 1500 NM_000520.3 1384 AAGGATTTCTACGTAGTGGAACCCCTGGCATTTGAAGGTACCCCTGAGCA 1433 ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1501 AAGGATTTCTACATAGTGGAACCCCTGGCATTTGAAGGTACCCCTGAGCA 1550 NM_000520.3 1434 GAAGGCTCTGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGG 1483 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1551 GAAGGCTCTGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGG 1600 NM_000520.3 1484 ACAACACAAACCTGGTCCCCAGGCTCTGGCCCAGAGCAGGGGCTGTTGCC 1533 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1601 ACAACACAAACCTGGTCCCCAGGCTCTGGCCCAGAGCAGGGGCTGTTGCC 1650 NM_000520.3 1534 GAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATGA 1583 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1651 GAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATGA 1700 NM_000520.3 1584 ACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAGTTGCTGAGGCGAGGTGTCCAGGCCC 1633 ||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1701 ACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAATTGCTGAGGCGAGGTGTCCAGGCCC 1750 NM_000520.3 1634 AACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACAGACCTGAGCC 1683 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1751 AACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACAGACCTGAGCC 1800 NM_000520.3 1684 CCAGGCACCGAGGAGGGTGCTGGCTGTAGGTGAATGGTAGTGGAGCCAGG 1733 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1801 CCAGGCACCGAGGAGGGTGCTGGCTGTAGGTGAATGGTAGTGGAGCCAGG 1850 NM_000520.3 1734 CTTCCACTGCATCCTGGCCAGGGGACGGAGCCCCTTGCCTTCGTGCCCCT 1783 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1851 CTTCCACTGCATCCTGGCCAGGGGACGGAGCCCCTTGCCTTCGTGCCCCT 1900 NM_000520.3 1784 TGCCTGCGTGCCCCTGTGCTTGGAGAGAAAGGGGCCGGTGCTGGCGCTCG 1833 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1901 TGCCTGCGTGCCCCTGTGCTTGGAGAGAAAGGGGCCGGTGCTGGCGCTCG 1950 NM_000520.3 1834 CATTCAATAAAGAGTAATGTGGCATTTTTCTATAATAAACATGGATTACC 1883 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 1951 CATTCAATAAAGAGTAATGTGGCATTTTTCTATAATAAACATGGATTACC 2000 NM_000520.3 1884 TGTGTTTAAAAAAAAAAGTGTGAATGGCGTTAGGGTAAGGGCACAGCCAG 1933 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2001 TGTGTTTAAAAAAAAAAGTGTGAATGGCGTTAGGGTAAGGGCACAGCCAG 2050 NM_000520.3 1934 GCTGGAGTCAGTGTCTGCCCCTGAGGTCTTTTAAGTTGAGGGCTGGGAAT 1983 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2051 GCTGGAGTCAGTGTCTGCCCCTGAGGTCTTTTAAGTTGAGGGCTGGGAAT 2100 NM_000520.3 1984 GAAACCTATAGCCTTTGTGCTGTTCTGCCTTGCCTGTGAGCTATGTCACT 2033 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2101 GAAACCTATAGCCTTTGTGCTGTTCTGCCTTGCCTGTGAGCTATGTCACT 2150 NM_000520.3 2034 CCCCTCCCACTCCTGACCATATTCCAGACACCTGCCCTAATCCTCAGCCT 2083 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2151 CCCCTCCCACTCCTGACCATATTCCAGACACCTGCCCTAATCCTCAGCCT 2200 NM_000520.3 2084 GCTCACTTCACTTCTGCATTATATCTCCAAGGCGTTGGTATATGGAAAAA 2133 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2201 GCTCACTTCACTTCTGCATTATATCTCCAAGGCGTTGGTATATGGAAAAA 2250 NM_000520.3 2134 GATGTAGGGGCTTGGAGGTGTTCTGGACAGTGGGGAGGGCTCCAGACCCA 2183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2251 GATGTAGGGGCTTGGAGGTGTTCTGGACAGTGGGGAGGGCTCCAGACCCA 2300 NM_000520.3 2184 ACCTGGTCACAGAAGAGCCTCTCCCCCATGCATACTCATCCACCTCCCTC 2233 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2301 ACCTGGTCACAGAAGAGCCTCTCCCCCATGCATACTCATCCACCTCCCTC 2350 NM_000520.3 2234 CCCTAGAGCTATTCTCCTTTGGGTTTCTTGCTGCTTCAATTTTATACAAC 2283 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2351 CCCTAGAGCTATTCTCCTTTGGGTTTCTTGCTGCTTCAATTTTATACAAC 2400 NM_000520.3 2284 CATTATTTAAATATTATTAAACACATATTGTTCTCTA 2320 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| NM_000520.4 2401 CATTATTTAAATATTATTAAACACATATTGTTCTCTA 2437 #--------------------------------------- #---------------------------------------