TSD NM 000520.3 NM 000520.4 NW
From Bioinformatikpedia
########################################
# Program: needle
# Rundate: Fri 8 Jun 2012 18:47:08
# Commandline: needle
# -auto
# -stdout
# -asequence emboss_needle-I20120608-184707-0081-96577159-pg.asequence
# -bsequence emboss_needle-I20120608-184707-0081-96577159-pg.bsequence
# -datafile EDNAFULL
# -gapopen 10.0
# -gapextend 0.5
# -endopen 10.0
# -endextend 0.5
# -aformat3 pair
# -snucleotide1
# -snucleotide2
# Align_format: pair
# Report_file: stdout
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: NM_000520.3
# 2: NM_000520.4
# Matrix: EDNAFULL
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 2437
# Identity: 2318/2437 (95.1%)
# Similarity: 2318/2437 (95.1%)
# Gaps: 117/2437 ( 4.8%)
# Score: 11582.0
#
#
#=======================================
NM_000520.3 1 -------------------------------------------------- 0
NM_000520.4 1 AGTTGCCGACGCCCGGCACAATCCGCTGCACGTAGCAGGAGCCTCAGGTC 50
NM_000520.3 1 -------------------------------------------------- 0
NM_000520.4 51 CAGGCCGGAAGTGAAAGGGCAGGGTGTGGGTCCTCCTGGGGTCGCAGGCG 100
NM_000520.3 1 -----------------ACGTGATTCGCCGATAAGTCACGGGGGCGCCGC 33
|||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 101 CAGAGCCGCCTCTGGTCACGTGATTCGCCGATAAGTCACGGGGGCGCCGC 150
NM_000520.3 34 TCACCTGACCAGGGTCTCACGTGGCCAGCCCCCTCCGAGAGGGGAGACCA 83
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 151 TCACCTGACCAGGGTCTCACGTGGCCAGCCCCCTCCGAGAGGGGAGACCA 200
NM_000520.3 84 GCGGGCCATGACAAGCTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAG 133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 201 GCGGGCCATGACAAGCTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAG 250
NM_000520.3 134 CGTTCGCAGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAA 183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 251 CGTTCGCAGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAA 300
NM_000520.3 184 ACCTCCGACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTA 233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 301 ACCTCCGACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTA 350
NM_000520.3 234 CGATGTCAGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCT 283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 351 CGATGTCAGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCT 400
NM_000520.3 284 TCCAGCGCTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCT 333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 401 TCCAGCGCTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCT 450
NM_000520.3 334 TACCTCACAGGGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTCTC 383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 451 TACCTCACAGGGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTCTC 500
NM_000520.3 384 TGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGAGA 433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 501 TGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGAGA 550
NM_000520.3 434 ATTATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCCTCTCTGAGACT 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 551 ATTATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCCTCTCTGAGACT 600
NM_000520.3 484 GTCTGGGGAGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTTAGCCAGCTTGTTTGGAA 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 601 GTCTGGGGAGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTTAGCCAGCTTGTTTGGAA 650
NM_000520.3 534 ATCTGCTGAGGGCACATTCTTTATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTC 583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 651 ATCTGCTGAGGGCACATTCTTTATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTC 700
NM_000520.3 584 CCCGCTTTCCTCACCGGGGCTTGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTG 633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 701 CCCGCTTTCCTCACCGGGGCTTGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTG 750
NM_000520.3 634 CCACTCTCTAGCATCCTGGACACTCTGGATGTCATGGCGTACAATAAATT 683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 751 CCACTCTCTAGCATCCTGGACACTCTGGATGTCATGGCGTACAATAAATT 800
NM_000520.3 684 GAACGTGTTCCACTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGA 733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 801 GAACGTGTTCCACTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGA 850
NM_000520.3 734 GCTTCACTTTTCCAGAGCTCATGAGAAAGGGGTCCTACAACCCTGTCACC 783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 851 GCTTCACTTTTCCAGAGCTCATGAGAAAGGGGTCCTACAACCCTGTCACC 900
NM_000520.3 784 CACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCT 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 901 CACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCT 950
NM_000520.3 834 CCGGGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGT 883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 951 CCGGGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGT 1000
NM_000520.3 884 CCTGGGGACCAGGTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCTGGGTCT 933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1001 CCTGGGGACCAGGTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCTGGGTCT 1050
NM_000520.3 934 GAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAATACCTA 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1051 GAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAATACCTA 1100
NM_000520.3 984 TGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCCCAGATT 1033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1101 TGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCCCAGATT 1150
NM_000520.3 1034 TTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTGGAAGTCC 1083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1151 TTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTGGAAGTCC 1200
NM_000520.3 1084 AACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGGCTTCGGTGAGGACTT 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1201 AACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGGCTTCGGTGAGGACTT 1250
NM_000520.3 1134 CAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTT 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1251 CAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTT 1300
NM_000520.3 1184 CTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTA 1233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1301 CTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTA 1350
NM_000520.3 1234 AAGATTCAGCCAGACACAATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGT 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1351 AAGATTCAGCCAGACACAATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGT 1400
NM_000520.3 1284 GAACTATATGAAGGAGCTGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCC 1333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1401 GAACTATATGAAGGAGCTGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCC 1450
NM_000520.3 1334 TTCTCTCTGCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGG 1383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1451 TTCTCTCTGCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGG 1500
NM_000520.3 1384 AAGGATTTCTACGTAGTGGAACCCCTGGCATTTGAAGGTACCCCTGAGCA 1433
||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1501 AAGGATTTCTACATAGTGGAACCCCTGGCATTTGAAGGTACCCCTGAGCA 1550
NM_000520.3 1434 GAAGGCTCTGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGG 1483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1551 GAAGGCTCTGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGG 1600
NM_000520.3 1484 ACAACACAAACCTGGTCCCCAGGCTCTGGCCCAGAGCAGGGGCTGTTGCC 1533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1601 ACAACACAAACCTGGTCCCCAGGCTCTGGCCCAGAGCAGGGGCTGTTGCC 1650
NM_000520.3 1534 GAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATGA 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1651 GAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATGA 1700
NM_000520.3 1584 ACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAGTTGCTGAGGCGAGGTGTCCAGGCCC 1633
||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1701 ACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAATTGCTGAGGCGAGGTGTCCAGGCCC 1750
NM_000520.3 1634 AACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACAGACCTGAGCC 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1751 AACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACAGACCTGAGCC 1800
NM_000520.3 1684 CCAGGCACCGAGGAGGGTGCTGGCTGTAGGTGAATGGTAGTGGAGCCAGG 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1801 CCAGGCACCGAGGAGGGTGCTGGCTGTAGGTGAATGGTAGTGGAGCCAGG 1850
NM_000520.3 1734 CTTCCACTGCATCCTGGCCAGGGGACGGAGCCCCTTGCCTTCGTGCCCCT 1783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1851 CTTCCACTGCATCCTGGCCAGGGGACGGAGCCCCTTGCCTTCGTGCCCCT 1900
NM_000520.3 1784 TGCCTGCGTGCCCCTGTGCTTGGAGAGAAAGGGGCCGGTGCTGGCGCTCG 1833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1901 TGCCTGCGTGCCCCTGTGCTTGGAGAGAAAGGGGCCGGTGCTGGCGCTCG 1950
NM_000520.3 1834 CATTCAATAAAGAGTAATGTGGCATTTTTCTATAATAAACATGGATTACC 1883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 1951 CATTCAATAAAGAGTAATGTGGCATTTTTCTATAATAAACATGGATTACC 2000
NM_000520.3 1884 TGTGTTTAAAAAAAAAAGTGTGAATGGCGTTAGGGTAAGGGCACAGCCAG 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2001 TGTGTTTAAAAAAAAAAGTGTGAATGGCGTTAGGGTAAGGGCACAGCCAG 2050
NM_000520.3 1934 GCTGGAGTCAGTGTCTGCCCCTGAGGTCTTTTAAGTTGAGGGCTGGGAAT 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2051 GCTGGAGTCAGTGTCTGCCCCTGAGGTCTTTTAAGTTGAGGGCTGGGAAT 2100
NM_000520.3 1984 GAAACCTATAGCCTTTGTGCTGTTCTGCCTTGCCTGTGAGCTATGTCACT 2033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2101 GAAACCTATAGCCTTTGTGCTGTTCTGCCTTGCCTGTGAGCTATGTCACT 2150
NM_000520.3 2034 CCCCTCCCACTCCTGACCATATTCCAGACACCTGCCCTAATCCTCAGCCT 2083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2151 CCCCTCCCACTCCTGACCATATTCCAGACACCTGCCCTAATCCTCAGCCT 2200
NM_000520.3 2084 GCTCACTTCACTTCTGCATTATATCTCCAAGGCGTTGGTATATGGAAAAA 2133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2201 GCTCACTTCACTTCTGCATTATATCTCCAAGGCGTTGGTATATGGAAAAA 2250
NM_000520.3 2134 GATGTAGGGGCTTGGAGGTGTTCTGGACAGTGGGGAGGGCTCCAGACCCA 2183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2251 GATGTAGGGGCTTGGAGGTGTTCTGGACAGTGGGGAGGGCTCCAGACCCA 2300
NM_000520.3 2184 ACCTGGTCACAGAAGAGCCTCTCCCCCATGCATACTCATCCACCTCCCTC 2233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2301 ACCTGGTCACAGAAGAGCCTCTCCCCCATGCATACTCATCCACCTCCCTC 2350
NM_000520.3 2234 CCCTAGAGCTATTCTCCTTTGGGTTTCTTGCTGCTTCAATTTTATACAAC 2283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2351 CCCTAGAGCTATTCTCCTTTGGGTTTCTTGCTGCTTCAATTTTATACAAC 2400
NM_000520.3 2284 CATTATTTAAATATTATTAAACACATATTGTTCTCTA 2320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NM_000520.4 2401 CATTATTTAAATATTATTAAACACATATTGTTCTCTA 2437
#---------------------------------------
#---------------------------------------
