ASPA Sequence Based Predictions
From Bioinformatikpedia
Contents
Prediction of Secondary Structure Elements
PsiPred
# PSIPRED HFORMAT (PSIPRED V3.0)
Conf: 987522213466199993246776008999999984450000587389976339987971
Pred: CCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEECCHHHHHH
AA: MTSCHIAEEHIQKVAIFGGTHGNELTGVFLVKHWLENGAEIQRTGLEVKPFITNPRAVKK
10 20 30 40 50 60
Conf: 998788998878786647999999984999999999988199999997428994187898
Pred: CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEECCCCCC
AA: CTRYIDCDLNRIFDLENLGKKMSEDLPYEVRRAQEINHLFGPKDSEDSYDIIFDLHNTTS
70 80 90 100 110 120
Conf: 999505864599448999999998762999737862048886301220027861499667
Pred: CCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCCHHHHCCCCCCEEEEEC
AA: NMGCTLILEDSRNNFLIQMFHYIKTSLAPLPCYVYLIEHPSLKYATTRSIAKYPVGIEVG
130 140 150 160 170 180
Conf: 877898808999999999999998976406998899973479998113515579877700
Pred: CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCE
AA: PQPQGVLRADILDQMRKMIKHALDFIHHFNEGKEFPPCAIEVYKIIEKVDYPRDENGEIA
190 200 210 220 230 240
Conf: 552467669998546888832213699778518622057770372000011102000100
Pred: EEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCEEEEECCCCHHCCCCHHHEECCE
AA: AIIHPNLQDQDWKPLHPGDPMFLTLDGKTIPLGGDCTVYPVFVNEAAYYEKKEAFAKTTK
250 260 270 280 290 300
Conf: 3544256113309
Pred: EEEEECCCEEECC
AA: LTLNAKSIRCCLH
310
JPred3
JPred3 was published in 1998 by Christian Cole, Jonathan D. Barber and Geoffrey J. Barton.
Reference: Original paper, current version
JPred3 uses the JNet 2.0 algorithm to make its predictions. This algorithm generates profiles using PSI-Blast (which is used to build a position-specific scoring matrix) and HMMer (which is used to construct HMM profiles.) Both position-specific scoring matrix and the HMMs are used to predict secondary structure and solvent accessibility.
Input: A protein sequence or a pre-made MSA; a PDB database is needed, too, but provided by the JPred3 server.
MTSCHIAEEHIQKVAIFGGTHGNELTGVFLVKHWLENGAEIQRTGLEVKPFITNPRAVKKCTRYID ------------EEEEEEEE------HHHHHHHHHH---------EEEEEEEE-HHHHHH-----H CDLNRIFDLENLGKKMSEDLPYEVRRAQEINHLFGPKDSEDSYDIIFDLHNTTSNMGCTLILEDSR ---------------------HHHHHHHHHHHHHH-------EEEEEE-----------EEEE--- NNFLIQMFHYIKTSLAPLPCYVYLIEHPSLKYATTRSIAKYPVGIEVGPQPQGVLRADILDQMRKM -HHHHHHHHHHHH------EEEEEE---------HHEE----EEEEE---------HHHHHHHHHH IKHALDFIHHFNEGKEFPPCAIEVYKIIEKVDYPRDENGEIAAIIHPNLQDQDWKPLHPGDPMFLT HHHHHHHHHHH----------EEEEEEEEEE----------EEEE----------------HHE-- LDGKTIPLGGDCTVYPVFVNEAAYYEKKEAFAKTTKLTLNAKSIRCCLH ----EEEE----EEEEEEE-----HHH-HHHHHHHHEEE-----EEEE-
DSSP
DSSP (Define Secondary Structure of Proteins) is a software for secondary structure assignment and was published in 1983 by Wolfgang Kabsch and Chris Sander. Reference: Original paper
DSSP does not predict secondary structure from amino acid sequences; instead, it uses a 3D structure (a PDB file) to deduce the secondary structure from the 3D structure. To this end, DSSP examines the phi and psi angles and the C alpha positions in the protein backbone and H-bonds present in the structure; these are used to define "n-turns", which are H-bonds between the NH and CO groups of amino acids with sequence separations of 3-5 residues, and "bridges" with greater sequence separations. Repeating 4-turns are used to identify helices, repeating bridges identify beta sheets.
Input: A 3D structure (a PDB file)
The results differ from those of the two secondary structure predictors, as the PDB file contains a dimer, whereas the Uniprot sequence only contains one domain (which is a sensible thing, since both domains are essentially identical.)
The prediction shows slight differences between both domains; we assume that reasons for this are slight differences in the actual 3D structure of the two chains as well as H-bonds between the two chains.
10 20 30 40 50 60
| | | | | |
1 - 60 EHIQKVAIFGGTHGNELTGVFLVKHWLENGAEIQRTGLEVKPFITNPRAVKKCTRYIDCD
1 - 60 SSSSSS TTTT HHHHHHHHHHTT 333 TT SSSSSST HHHHHTTTT TTT
1 - 60
1 - 60 AA AA A AA AAA AA AAAA A A AA AAAA AAAA
70 80 90 100 110 120
| | | | | |
61 - 120 LNRIFDLENLGKKMSEDLPYEVRRAQEINHLFGPKDSEDSYDIIFDLHNTTSNMGCTLIL
61 - 120 333 THHHHTT TTT HHHHHHHHHHHHH TTTTTT TSSSSSSS TTT SSSSSS
61 - 120 ** * * ** ** * *
61 - 120 A AAA AAAAAAAAA A A AA AAA AA A
130 140 150 160 170 180
| | | | | |
121 - 180 EDSRNNFLIQMFHYIKTSLAPLPCYVYLIEHPSLKYATTRSIAKYPVGIEVGPQPQGVLR
121 - 180 T TT HHHHHHHHHHHHHHTTT SSSSS TT 3333TTSSSSSSSST TT
121 - 180 * ** **
121 - 180 A A A AA AAA AAAA A AAAAAA AA A A A
190 200 210 220 230 240
| | | | | |
181 - 240 ADILDQMRKMIKHALDFIHHFNEGKEFPPCAIEVYKIIEKVDYPRDENGEIAAIIHPNLQ
181 - 240 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT SSSSSSSSSSSS TTT TSS TTTT
181 - 240
181 - 240 A AA AA AA AA AAAA AA A A A AAA A AAAAA A AA
250 260 270 280 290 300
| | | | | |
241 - 300 DQDWKPLHPGDPMFLTLDGKTIPLGGDCTVYPVFVNEAAYYEKKEAFAKTTKLTLNAKSI
241 - 300 T TTT TTTSSSS TT SSS TTT SSSTTT 333TTTT TSSSSSSSSSSS
241 - 300
241 - 300 AA AA AAAAA A AAAAAA AAAAA A AAA A AAA A A
301 - 302 RC
301 - 302
301 - 302
301 - 302 AA
310 320 330 340 350 360
| | | | | |
303 - 362 EHIQKVAIFGGTHGNELTGVFLVKHWLENGAEIQRTGLEVKPFITNPRAVKKCTRYIDCD
303 - 362 SSSSSS TTTT HHHHHHHHHHHH 3333 TT SSSSSST HHHHHTT T TTT
303 - 362
303 - 362 AA AA AA AAA AA AAAA A A A AA AAAA AAAA
370 380 390 400 410 420
| | | | | |
363 - 422 LNRIFDLENLGKKMSEDLPYEVRRAQEINHLFGPKDSEDSYDIIFDLHNTTSNMGCTLIL
363 - 422 333 THHHHTT TTT HHHHHHHHHHHHH TTTTTT TSSSSSSS TTT SSSSSS
363 - 422 ** *** * ** ****
363 - 422 A AAA AAAAAAAAA A A AA AAA AA A
430 440 450 460 470 480
| | | | | |
423 - 482 EDSRNNFLIQMFHYIKTSLAPLPCYVYLIEHPSLKYATTRSIAKYPVGIEVGPQPQGVLR
423 - 482 T TT HHHHHHHHHHHHHHTTT SSSSS TTTT 3333TTSSSSSSSS TT
423 - 482
423 - 482 A A A AA AA AAAA A AAAAAA AA A A
490 500 510 520 530 540
| | | | | |
483 - 542 ADILDQMRKMIKHALDFIHHFNEGKEFPPCAIEVYKIIEKVDYPRDENGEIAAIIHPNLQ
483 - 542 HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTT SSSSSSSSSSSS TTT TSS TTTT
483 - 542 *** *
483 - 542 A AA AA A AA A AA AA A A A AAA A AAAAA A A AA
550 560 570 580 590 600
| | | | | |
543 - 602 DQDWKPLHPGDPMFLTLDGKTIPLGGDCTVYPVFVNEAAYYEKKEAFAKTTKLTLNAKSI
543 - 602 T TTT TTTSSSS TT SSS TTT SSSTTT THHHHTT TSSSSSSSSSSS
543 - 602 *
543 - 602 AA AA AAAAA A AAAAAA AAAAA A AAA A AAAA A AA
603 - 604 RC
603 - 604
603 - 604
603 - 604 AA
Clearly solvent accessible: A; involved in symmetry contacts: *
pdb id: 2o53
Prediction of disordered regions
DISOPRED
DISOPRED predictions for a false positive rate threshold of: 2%
conf: 999999999877640000000000000000000000000000000000000000000000
pred: **********..................................................
AA: MTSCHIAEEHIQKVAIFGGTHGNELTGVFLVKHWLENGAEIQRTGLEVKPFITNPRAVKK
10 20 30 40 50 60
conf: 000000000000000356777788777654200000000000000000000000000000
pred: ......................**....................................
AA: CTRYIDCDLNRIFDLENLGKKMSEDLPYEVRRAQEINHLFGPKDSEDSYDIIFDLHNTTS
70 80 90 100 110 120
conf: 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
pred: ............................................................
AA: NMGCTLILEDSRNNFLIQMFHYIKTSLAPLPCYVYLIEHPSLKYATTRSIAKYPVGIEVG
130 140 150 160 170 180
conf: 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
pred: ............................................................
AA: PQPQGVLRADILDQMRKMIKHALDFIHHFNEGKEFPPCAIEVYKIIEKVDYPRDENGEIA
190 200 210 220 230 240
conf: 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
pred: ............................................................
AA: AIIHPNLQDQDWKPLHPGDPMFLTLDGKTIPLGGDCTVYPVFVNEAAYYEKKEAFAKTTK
250 260 270 280 290 300
conf: 0000000000002
pred: .............
AA: LTLNAKSIRCCLH
310
Asterisks (*) represent disorder predictions and dots (.)
prediction of order. The confidence estimates give a rough
indication of the probability that each residue is disordered.
POODLE
POS 1 M T S C H I A E E H I
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.461 0.444 0.413 0.401 0.418 0.461 0.537 0.644 0.693 0.62 0.468
POS 12 Q K V A I F G G T H G
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.321 0.238 0.177 0.146 0.128 0.116 0.106 0.104 0.111 0.126 0.132
POS 23 N E L T G V F L V K H
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.131 0.118 0.098 0.073 0.053 0.041 0.036 0.035 0.035 0.036 0.036
POS 34 W L E N G A E I Q R T
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.038 0.045 0.06 0.081 0.099 0.119 0.133 0.146 0.147 0.143 0.129
POS 45 G L E V K P F I T N P
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.111 0.09 0.073 0.062 0.054 0.047 0.039 0.033 0.033 0.037 0.041
POS 56 R A V K K C T R Y I D
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.043 0.047 0.054 0.062 0.068 0.071 0.073 0.07 0.067 0.069 0.075
POS 67 C D L N R I F D L E N
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.08 0.081 0.078 0.075 0.073 0.072 0.076 0.094 0.127 0.176 0.249
POS 78 L G K K M S E D L P Y
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.403 0.554 0.737 0.766 0.804 0.755 0.682 0.65 0.632 0.636 0.583
POS 89 E V R R A Q E I N H L
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.505 0.448 0.348 0.262 0.201 0.16 0.131 0.11 0.103 0.104 0.111
POS 100 F G P K D S E D S Y
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.116 0.117 0.108 0.089 0.067 0.049 0.039 0.034 0.033 0.035
POS 110 D I I F D L H N T T
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.038 0.041 0.043 0.043 0.042 0.041 0.042 0.045 0.052 0.06
POS 120 S N M G C T L I L E
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.07 0.081 0.092 0.101 0.109 0.111 0.107 0.096 0.085 0.072
POS 130 D S R N N F L I Q M
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.06 0.051 0.046 0.04 0.036 0.033 0.032 0.031 0.031 0.031
POS 140 F H Y I K T S L A P
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.033 0.036 0.04 0.043 0.046 0.049 0.05 0.053 0.055 0.059
POS 150 L P C Y V Y L I E H
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.065 0.073 0.088 0.103 0.115 0.119 0.118 0.111 0.104 0.104
POS 160 P S L K Y A T T R S
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.121 0.147 0.19 0.229 0.264 0.263 0.245 0.196 0.149 0.098
POS 170 I A K Y P V G I E V
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.069 0.053 0.051 0.057 0.066 0.08 0.093 0.102 0.103 0.099
POS 180 G P Q P Q G V L R A
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.096 0.094 0.095 0.095 0.099 0.098 0.099 0.095 0.094 0.086
POS 190 D I L D Q M R K M I
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.074 0.059 0.048 0.04 0.038 0.038 0.038 0.039 0.04 0.043
POS 200 K H A L D F I H H F
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.046 0.049 0.051 0.052 0.056 0.064 0.077 0.092 0.112 0.142
POS 210 N E G K E F P P C A
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.17 0.198 0.21 0.311 0.281 0.248 0.105 0.084 0.072 0.071
POS 220 I E V Y K I I E K V
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.069 0.065 0.06 0.056 0.052 0.054 0.062 0.076 0.105 0.141
POS 230 D Y P R D E N G E I
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.176 0.203 0.224 0.227 0.217 0.209 0.228 0.248 0.271 0.282
POS 240 A A I I H P N L Q D
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.289 0.269 0.24 0.208 0.188 0.169 0.155 0.152 0.167 0.193
POS 250 Q D W K P L H P G D
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.222 0.236 0.235 0.21 0.175 0.136 0.11 0.097 0.099 0.104
POS 260 P M F L T L D G K T
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.107 0.108 0.104 0.095 0.084 0.077 0.073 0.082 0.102 0.125
POS 270 I P L G G D C T V Y
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.144 0.162 0.169 0.166 0.156 0.149 0.133 0.117 0.099 0.089
POS 280 P V F V N E A A Y Y
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.077 0.072 0.067 0.064 0.066 0.082 0.122 0.184 0.241 0.279
POS 290 E K K E A F A K T T
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.282 0.264 0.236 0.229 0.238 0.257 0.263 0.252 0.231 0.222
POS 300 K L T L N A K S I R
-1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
0.246 0.278 0.305 0.31 0.303 0.277 0.263 0.371 0.382 0.38
POS 310 C C L H
-1 -1 -1 -1
0.348 0.51 0.496 0.489
IUPRED
Long Disorder
POS 1 M T S C H I A E E H I
0.3215 0.3426 0.2817 0.2783 0.2064 0.1275 0.1554 0.1823 0.2094 0.2364 0.2575
POS 12 Q K V A I F G G T H G
0.2988 0.3087 0.2364 0.3215 0.3149 0.3321 0.2609 0.1823 0.1275 0.1206 0.1759
POS 23 N E L T G V F L V K H
0.1028 0.0676 0.1070 0.1298 0.1881 0.2575 0.2715 0.1969 0.2034 0.2034 0.2064
POS 34 W L E N G A E I Q R T
0.1942 0.1206 0.1914 0.1399 0.1373 0.2064 0.2002 0.1969 0.2541 0.2715 0.2951
POS 45 G L E V K P F I T N P
0.3840 0.4256 0.3460 0.3321 0.3286 0.2609 0.2503 0.3249 0.2292 0.1583 0.1611
POS 56 R A V K K C T R Y I D
0.0985 0.1554 0.0929 0.1373 0.1424 0.0765 0.0749 0.1229 0.0749 0.0780 0.0719
POS 67 C D L N R I F D L E N
0.0424 0.0506 0.0734 0.0734 0.0605 0.1048 0.1115 0.1184 0.1229 0.2064 0.1323
POS 78 L G K K M S E D L P Y
0.2258 0.1643 0.2364 0.2292 0.2002 0.2884 0.4087 0.3215 0.4119 0.3948 0.3053
POS 89 E V R R A Q E I N H L
0.2849 0.2849 0.3149 0.3182 0.3631 0.3667 0.3667 0.3631 0.4441 0.3286 0.4220
POS 100 F G P K D S E D S Y
0.3215 0.3053 0.1969 0.2034 0.1611 0.1501 0.1476 0.2224 0.2164 0.2164
POS 110 D I I F D L H N T T
0.3053 0.3704 0.3704 0.2609 0.2680 0.1823 0.1184 0.0662 0.0690 0.0734
POS 120 S N M G C T L I L E
0.1229 0.1184 0.1914 0.2817 0.2849 0.2034 0.2064 0.2193 0.1759 0.0985
POS 130 D S R N N F L I Q M
0.0948 0.0581 0.0327 0.0398 0.0414 0.0719 0.0414 0.0581 0.1092 0.1092
POS 140 F H Y I K T S L A P
0.1162 0.0662 0.0398 0.0269 0.0163 0.0105 0.0115 0.0184 0.0275 0.0300
POS 150 L P C Y V Y L I E H
0.0372 0.0433 0.0424 0.0405 0.0581 0.0618 0.0618 0.0618 0.1007 0.0749
POS 160 P S L K Y A T T R S
0.0543 0.0870 0.0443 0.0888 0.1007 0.1424 0.1449 0.2292 0.2470 0.2328
POS 170 I A K Y P V G I E V
0.2575 0.2503 0.2752 0.3667 0.3704 0.3948 0.3426 0.3356 0.3019 0.3149
POS 180 G P Q P Q G V L R A
0.2328 0.2328 0.2752 0.2951 0.3321 0.3087 0.3631 0.3182 0.3182 0.2918
POS 190 D I L D Q M R K M I
0.3494 0.3182 0.2164 0.2129 0.1115 0.0605 0.0592 0.0870 0.0734 0.0780
POS 200 K H A L D F I H H F
0.1048 0.0967 0.1501 0.2364 0.1349 0.1399 0.1942 0.1206 0.1048 0.0817
POS 210 N E G K E F P P C A
0.1449 0.1048 0.0618 0.0734 0.0704 0.0389 0.0835 0.1349 0.0948 0.1028
POS 220 I E V Y K I I E K V
0.1115 0.1184 0.1092 0.1184 0.1323 0.1275 0.2129 0.2094 0.1229 0.1731
POS 230 D Y P R D E N G E I
0.1731 0.1759 0.1028 0.1476 0.2470 0.2609 0.2680 0.3631 0.3566 0.3740
POS 240 A A I I H P N L Q D
0.4476 0.3392 0.4256 0.4256 0.3460 0.3356 0.3392 0.3249 0.3392 0.3460
POS 250 Q D W K P L H P G D
0.3910 0.3215 0.2783 0.3631 0.3667 0.3774 0.3566 0.3392 0.4220 0.3321
POS 260 P M F L T L D G K T
0.3426 0.2541 0.2436 0.3426 0.3566 0.2470 0.3286 0.2680 0.1643 0.1852
POS 270 I P L G G D C T V Y
0.1298 0.0631 0.0543 0.1048 0.1731 0.1449 0.1881 0.1115 0.0646 0.0734
POS 280 P V F V N E A A Y Y
0.0690 0.1092 0.1048 0.1399 0.0765 0.0646 0.0581 0.1028 0.1007 0.1373
POS 290 E K K E A F A K T T
0.1449 0.1298 0.1184 0.2034 0.2364 0.2164 0.2002 0.1583 0.1823 0.1852
POS 300 K L T L N A K S I R
0.1881 0.1184 0.1184 0.1184 0.0888 0.0851 0.1349 0.1349 0.1137 0.0870
POS 310 C C L H
0.0631 0.0473 0.0734 0.0483
Short Disorder
POS 1 M T S C H I A E E H I
0.8886 0.7772 0.7418 0.6984 0.5992 0.5296 0.4149 0.2748 0.2333 0.1921 0.1566
POS 12 Q K V A I F G G T H G
0.1805 0.1844 0.1732 0.2700 0.1766 0.2531 0.2913 0.2080 0.1292 0.0832 0.0965
POS 23 N E L T G V F L V K H
0.0909 0.0991 0.0935 0.0660 0.1088 0.1766 0.1766 0.1495 0.1566 0.0991 0.1041
POS 34 W L E N G A E I Q R T
0.1041 0.0909 0.1456 0.0935 0.0935 0.0909 0.1416 0.2385 0.2080 0.1416 0.1322
POS 45 G L E V K P F I T N P
0.1844 0.2963 0.2820 0.2558 0.1921 0.2167 0.2041 0.1998 0.1921 0.1921 0.1380
POS 56 R A V K K C T R Y I D
0.0935 0.1495 0.0935 0.1416 0.0935 0.0771 0.1322 0.1416 0.0935 0.0965 0.0464
POS 67 C D L N R I F D L E N
0.0490 0.0567 0.0542 0.0554 0.0567 0.0935 0.0813 0.0858 0.1292 0.1958 0.1322
POS 78 L G K K M S E D L P Y
0.2385 0.1732 0.2558 0.1958 0.1878 0.2432 0.2963 0.3184 0.4149 0.3359 0.3399
POS 89 E V R R A Q E I N H L
0.4116 0.3491 0.2820 0.2913 0.3535 0.3399 0.3456 0.3399 0.4333 0.4078 0.4825
POS 100 F G P K D S E D S Y
0.3992 0.4651 0.4149 0.3578 0.3005 0.2820 0.1878 0.2483 0.2385 0.2385
POS 110 D I I F D L H N T T
0.2963 0.3668 0.3630 0.2865 0.2963 0.2209 0.2122 0.1292 0.0789 0.0441
POS 120 S N M G C T L I L E
0.0771 0.0771 0.1117 0.1635 0.2333 0.2209 0.1878 0.1292 0.0771 0.0858
POS 130 D S R N N F L I Q M
0.0660 0.0336 0.0316 0.0226 0.0102 0.0179 0.0179 0.0327 0.0279 0.0363
POS 140 F H Y I K T S L A P
0.0387 0.0173 0.0218 0.0128 0.0078 0.0044 0.0055 0.0059 0.0055 0.0055
POS 150 L P C Y V Y L I E H
0.0070 0.0167 0.0194 0.0200 0.0387 0.0212 0.0160 0.0157 0.0327 0.0455
POS 160 P S L K Y A T T R S
0.0387 0.0414 0.0279 0.0441 0.0455 0.0884 0.0991 0.1602 0.1635 0.1602
POS 170 I A K Y P V G I E V
0.1088 0.0965 0.1150 0.1878 0.2167 0.3146 0.3535 0.2865 0.2080 0.2080
POS 180 G P Q P Q G V L R A
0.1766 0.2748 0.2333 0.1667 0.2531 0.2385 0.2748 0.2748 0.3630 0.3184
POS 190 D I L D Q M R K M I
0.3146 0.3096 0.2748 0.2292 0.1292 0.1292 0.0744 0.0701 0.1150 0.1117
POS 200 K H A L D F I H H F
0.0723 0.0701 0.1150 0.1732 0.1602 0.1602 0.1205 0.1456 0.1766 0.1532
POS 210 N E G K E F P P C A
0.1958 0.1322 0.1416 0.1178 0.1205 0.1088 0.1205 0.1240 0.1380 0.1322
POS 220 I E V Y K I I E K V
0.1566 0.1698 0.1060 0.1266 0.1178 0.1240 0.2080 0.1766 0.1566 0.2292
POS 230 D Y P R D E N G E I
0.1878 0.2432 0.2041 0.2041 0.2122 0.2122 0.3225 0.3992 0.3005 0.3359
POS 240 A A I I H P N L Q D
0.4149 0.4245 0.5173 0.4078 0.4116 0.4245 0.3359 0.3263 0.3578 0.3399
POS 250 Q D W K P L H P G D
0.4282 0.4825 0.4703 0.4651 0.4600 0.4600 0.3399 0.3578 0.4333 0.4078
POS 260 P M F L T L D G K T
0.3885 0.2913 0.3053 0.3096 0.3184 0.2820 0.3630 0.3005 0.2657 0.1998
POS 270 I P L G G D C T V Y
0.1205 0.1205 0.1041 0.1018 0.1117 0.1150 0.1844 0.1380 0.1117 0.0701
POS 280 P V F V N E A A Y Y
0.0425 0.0744 0.0567 0.0909 0.0965 0.0744 0.0387 0.0464 0.0441 0.0607
POS 290 E K K E A F A K T T
0.0991 0.0771 0.0660 0.1041 0.0935 0.0935 0.0660 0.0832 0.1041 0.1041
POS 300 K L T L N A K S I R
0.1698 0.1041 0.0660 0.0441 0.0405 0.0701 0.1602 0.2333 0.2865 0.3456
POS 310 C C L H
0.4037 0.4556 0.5802 0.6334
Structured Regions
IUPRED predicts one domain comprising of the whole input sequence.
Meta-Disorder
Number Residue NORSnet NORS2st PROFbval bval2st Ucon Ucon2st MD_raw MD_rel MD2st
1 M 0.33 - 0.99 D 0.17 - 0.551 1 D
2 T 0.26 - 0.78 D 0.25 - 0.531 0 D
3 S 0.16 - 0.72 D 0.35 - 0.535 0 D
4 C 0.23 - 0.65 D 0.33 - 0.505 0 -
5 H 0.20 - 0.48 D 0.25 - 0.475 1 -
6 I 0.16 - 0.55 D 0.30 - 0.465 1 -
7 A 0.34 - 0.56 D 0.40 - 0.444 2 -
8 E 0.28 - 0.67 D 0.30 - 0.424 3 -
9 E 0.21 - 0.73 D 0.38 - 0.404 3 -
10 H 0.15 - 0.70 D 0.30 - 0.374 4 -
11 I 0.15 - 0.59 D 0.29 - 0.354 5 -
12 Q 0.15 - 0.60 D 0.28 - 0.313 6 -
13 K 0.14 - 0.51 D 0.23 - 0.263 8 -
14 V 0.14 - 0.30 - 0.19 - 0.253 8 -
15 A 0.16 - 0.24 - 0.19 - 0.250 9 -
16 I 0.13 - 0.20 - 0.24 - 0.242 9 -
17 F 0.10 - 0.13 - 0.23 - 0.250 9 -
18 G 0.13 - 0.18 - 0.21 - 0.242 9 -
19 G 0.10 - 0.24 - 0.20 - 0.253 8 -
20 T 0.07 - 0.34 - 0.20 - 0.253 8 -
21 H 0.06 - 0.26 - 0.26 - 0.260 8 -
22 G 0.06 - 0.39 - 0.29 - 0.253 8 -
23 N 0.06 - 0.48 D 0.22 - 0.250 9 -
24 E 0.06 - 0.47 D 0.18 - 0.242 9 -
25 L 0.11 - 0.43 - 0.16 - 0.242 9 -
26 T 0.12 - 0.39 - 0.20 - 0.253 8 -
27 G 0.10 - 0.32 - 0.20 - 0.242 9 -
28 V 0.08 - 0.28 - 0.15 - 0.242 9 -
29 F 0.12 - 0.35 - 0.13 - 0.242 9 -
30 L 0.14 - 0.28 - 0.15 - 0.242 9 -
31 V 0.09 - 0.30 - 0.16 - 0.253 8 -
32 K 0.07 - 0.40 - 0.16 - 0.263 8 -
33 H 0.06 - 0.40 - 0.18 - 0.293 7 -
34 W 0.08 - 0.38 - 0.29 - 0.273 8 -
35 L 0.09 - 0.45 - 0.30 - 0.283 7 -
36 E 0.09 - 0.56 D 0.41 - 0.313 6 -
37 N 0.12 - 0.62 D 0.32 - 0.313 6 -
38 G 0.16 - 0.62 D 0.35 - 0.330 6 -
39 A 0.11 - 0.64 D 0.46 - 0.313 6 -
40 E 0.10 - 0.66 D 0.47 - 0.323 6 -
41 I 0.09 - 0.65 D 0.47 - 0.323 6 -
42 Q 0.10 - 0.64 D 0.36 - 0.293 7 -
43 R 0.09 - 0.61 D 0.50 - 0.273 8 -
44 T 0.08 - 0.61 D 0.56 - 0.273 8 -
45 G 0.08 - 0.53 D 0.34 - 0.263 8 -
46 L 0.09 - 0.43 - 0.35 - 0.260 8 -
47 E 0.10 - 0.33 - 0.32 - 0.253 8 -
48 V 0.07 - 0.23 - 0.32 - 0.250 9 -
49 K 0.06 - 0.17 - 0.34 - 0.253 8 -
50 P 0.08 - 0.18 - 0.37 - 0.263 8 -
51 F 0.08 - 0.17 - 0.49 - 0.273 8 -
52 I 0.07 - 0.21 - 0.33 - 0.273 8 -
53 T 0.06 - 0.28 - 0.53 - 0.303 7 -
54 N 0.07 - 0.28 - 0.53 - 0.303 7 -
55 P 0.09 - 0.36 - 0.37 - 0.313 6 -
56 R 0.08 - 0.41 - 0.51 - 0.313 6 -
57 A 0.10 - 0.40 - 0.66 D 0.280 7 -
58 V 0.13 - 0.40 - 0.51 - 0.263 8 -
59 K 0.16 - 0.48 D 0.37 - 0.263 8 -
60 K 0.19 - 0.47 D 0.40 - 0.263 8 -
61 C 0.18 - 0.47 D 0.29 - 0.253 8 -
62 T 0.16 - 0.55 D 0.35 - 0.263 8 -
63 R 0.18 - 0.51 D 0.31 - 0.253 8 -
64 Y 0.22 - 0.47 D 0.25 - 0.273 8 -
65 I 0.23 - 0.47 D 0.20 - 0.260 8 -
66 D 0.23 - 0.56 D 0.21 - 0.263 8 -
67 C 0.25 - 0.57 D 0.16 - 0.263 8 -
68 D 0.30 - 0.43 - 0.18 - 0.263 8 -
69 L 0.29 - 0.40 - 0.18 - 0.260 8 -
70 N 0.28 - 0.40 - 0.25 - 0.263 8 -
71 R 0.40 - 0.39 - 0.23 - 0.273 8 -
72 I 0.46 - 0.43 - 0.22 - 0.280 7 -
73 F 0.46 - 0.37 - 0.19 - 0.273 8 -
74 D 0.37 - 0.46 - 0.32 - 0.310 6 -
75 L 0.33 - 0.57 D 0.40 - 0.390 4 -
76 E 0.36 - 0.61 D 0.30 - 0.444 2 -
77 N 0.44 - 0.62 D 0.41 - 0.465 1 -
78 L 0.38 - 0.66 D 0.65 D 0.531 0 D
79 G 0.30 - 0.70 D 0.64 D 0.485 1 -
80 K 0.35 - 0.69 D 0.64 D 0.515 0 -
81 K 0.23 - 0.69 D 0.59 D 0.475 1 -
82 M 0.23 - 0.66 D 0.42 - 0.444 2 -
83 S 0.28 - 0.69 D 0.64 D 0.449 2 -
84 E 0.34 - 0.72 D 0.56 - 0.485 1 -
85 D 0.29 - 0.74 D 0.45 - 0.424 3 -
86 L 0.20 - 0.64 D 0.35 - 0.424 3 -
87 P 0.20 - 0.64 D 0.45 - 0.404 3 -
88 Y 0.17 - 0.55 D 0.46 - 0.384 4 -
89 E 0.14 - 0.50 D 0.46 - 0.364 5 -
90 V 0.13 - 0.45 - 0.30 - 0.333 6 -
91 R 0.12 - 0.43 - 0.43 - 0.320 6 -
92 R 0.11 - 0.40 - 0.36 - 0.293 7 -
93 A 0.11 - 0.34 - 0.36 - 0.283 7 -
94 Q 0.10 - 0.45 - 0.22 - 0.290 7 -
95 E 0.12 - 0.41 - 0.25 - 0.303 7 -
96 I 0.09 - 0.34 - 0.26 - 0.283 7 -
97 N 0.11 - 0.40 - 0.33 - 0.313 6 -
98 H 0.10 - 0.49 D 0.39 - 0.313 6 -
99 L 0.10 - 0.47 D 0.38 - 0.313 6 -
100 F 0.13 - 0.47 D 0.38 - 0.293 7 -
101 G 0.14 - 0.54 D 0.58 D 0.323 6 -
102 P 0.13 - 0.61 D 0.58 D 0.333 6 -
103 K 0.13 - 0.60 D 0.47 - 0.323 6 -
104 D 0.11 - 0.61 D 0.71 D 0.323 6 -
105 S 0.10 - 0.65 D 0.73 D 0.283 7 -
106 E 0.10 - 0.70 D 0.62 D 0.283 7 -
107 D 0.12 - 0.70 D 0.42 - 0.273 8 -
108 S 0.11 - 0.64 D 0.37 - 0.270 8 -
109 Y 0.12 - 0.50 D 0.23 - 0.253 8 -
110 D 0.13 - 0.39 - 0.20 - 0.242 9 -
111 I 0.16 - 0.29 - 0.18 - 0.240 9 -
112 I 0.15 - 0.20 - 0.16 - 0.240 9 -
113 F 0.14 - 0.20 - 0.16 - 0.240 9 -
114 D 0.17 - 0.21 - 0.20 - 0.242 9 -
115 L 0.21 - 0.20 - 0.19 - 0.253 8 -
116 H 0.17 - 0.28 - 0.19 - 0.273 8 -
117 N 0.11 - 0.48 D 0.23 - 0.283 7 -
118 T 0.13 - 0.39 - 0.24 - 0.283 7 -
119 T 0.13 - 0.41 - 0.21 - 0.273 8 -
120 S 0.15 - 0.46 - 0.21 - 0.273 8 -
121 N 0.22 - 0.54 D 0.18 - 0.263 8 -
122 M 0.25 - 0.51 D 0.14 - 0.260 8 -
123 G 0.30 - 0.51 D 0.16 - 0.253 8 -
124 C 0.26 - 0.42 - 0.18 - 0.250 9 -
125 T 0.29 - 0.40 - 0.18 - 0.242 9 -
126 L 0.24 - 0.34 - 0.18 - 0.253 8 -
127 I 0.17 - 0.28 - 0.23 - 0.260 8 -
128 L 0.13 - 0.28 - 0.25 - 0.263 8 -
129 E 0.14 - 0.41 - 0.24 - 0.253 8 -
130 D 0.14 - 0.54 D 0.18 - 0.253 8 -
131 S 0.10 - 0.59 D 0.19 - 0.273 8 -
132 R 0.07 - 0.68 D 0.27 - 0.280 7 -
133 N 0.05 - 0.64 D 0.28 - 0.273 8 -
134 N 0.06 - 0.61 D 0.18 - 0.273 8 -
135 F 0.07 - 0.53 D 0.15 - 0.260 8 -
136 L 0.08 - 0.47 D 0.13 - 0.242 9 -
137 I 0.10 - 0.47 D 0.13 - 0.242 9 -
138 Q 0.16 - 0.42 - 0.13 - 0.242 9 -
139 M 0.15 - 0.34 - 0.13 - 0.242 9 -
140 F 0.11 - 0.32 - 0.14 - 0.250 9 -
141 H 0.13 - 0.41 - 0.14 - 0.263 8 -
142 Y 0.16 - 0.36 - 0.16 - 0.263 8 -
143 I 0.12 - 0.34 - 0.16 - 0.263 8 -
144 K 0.11 - 0.46 - 0.15 - 0.283 7 -
145 T 0.07 - 0.54 D 0.20 - 0.273 8 -
146 S 0.07 - 0.55 D 0.17 - 0.253 8 -
147 L 0.09 - 0.56 D 0.17 - 0.242 9 -
148 A 0.10 - 0.57 D 0.17 - 0.250 9 -
149 P 0.09 - 0.60 D 0.13 - 0.253 8 -
150 L 0.11 - 0.51 D 0.13 - 0.242 9 -
151 P 0.13 - 0.44 - 0.14 - 0.242 9 -
152 C 0.12 - 0.38 - 0.13 - 0.240 9 -
153 Y 0.13 - 0.31 - 0.13 - 0.240 9 -
154 V 0.18 - 0.28 - 0.13 - 0.242 9 -
155 Y 0.17 - 0.33 - 0.14 - 0.250 9 -
156 L 0.21 - 0.47 D 0.13 - 0.253 8 -
157 I 0.22 - 0.54 D 0.15 - 0.263 8 -
158 E 0.17 - 0.58 D 0.15 - 0.283 7 -
159 H 0.16 - 0.62 D 0.17 - 0.303 7 -
160 P 0.13 - 0.65 D 0.21 - 0.323 6 -
161 S 0.14 - 0.59 D 0.29 - 0.303 7 -
162 L 0.17 - 0.58 D 0.41 - 0.303 7 -
163 K 0.21 - 0.56 D 0.36 - 0.293 7 -
164 Y 0.32 - 0.51 D 0.29 - 0.273 8 -
165 A 0.31 - 0.47 D 0.26 - 0.273 8 -
166 T 0.28 - 0.45 - 0.32 - 0.273 8 -
167 T 0.22 - 0.41 - 0.33 - 0.273 8 -
168 R 0.15 - 0.47 D 0.26 - 0.273 8 -
169 S 0.14 - 0.47 D 0.28 - 0.280 7 -
170 I 0.12 - 0.46 - 0.29 - 0.273 8 -
171 A 0.12 - 0.47 D 0.22 - 0.283 7 -
172 K 0.11 - 0.58 D 0.27 - 0.290 7 -
173 Y 0.13 - 0.47 D 0.20 - 0.263 8 -
174 P 0.11 - 0.38 - 0.19 - 0.253 8 -
175 V 0.10 - 0.26 - 0.26 - 0.250 9 -
176 G 0.09 - 0.24 - 0.31 - 0.250 9 -
177 I 0.13 - 0.33 - 0.25 - 0.250 9 -
178 E 0.20 - 0.28 - 0.37 - 0.253 8 -
179 V 0.26 - 0.41 - 0.33 - 0.253 8 -
180 G 0.20 - 0.45 - 0.33 - 0.270 8 -
181 P 0.17 - 0.59 D 0.25 - 0.283 7 -
182 Q 0.12 - 0.49 D 0.35 - 0.283 7 -
183 P 0.12 - 0.51 D 0.28 - 0.273 8 -
184 Q 0.13 - 0.54 D 0.42 - 0.273 8 -
185 G 0.10 - 0.51 D 0.33 - 0.263 8 -
186 V 0.12 - 0.55 D 0.22 - 0.253 8 -
187 L 0.17 - 0.54 D 0.24 - 0.253 8 -
188 R 0.14 - 0.48 D 0.24 - 0.263 8 -
189 A 0.11 - 0.53 D 0.18 - 0.273 8 -
190 D 0.11 - 0.51 D 0.19 - 0.273 8 -
191 I 0.08 - 0.41 - 0.31 - 0.283 7 -
192 L 0.07 - 0.42 - 0.33 - 0.263 8 -
193 D 0.06 - 0.47 D 0.24 - 0.273 8 -
194 Q 0.08 - 0.45 - 0.33 - 0.270 8 -
195 M 0.04 - 0.34 - 0.26 - 0.263 8 -
196 R 0.04 - 0.43 - 0.34 - 0.273 8 -
197 K 0.05 - 0.44 - 0.34 - 0.263 8 -
198 M 0.06 - 0.29 - 0.34 - 0.263 8 -
199 I 0.06 - 0.28 - 0.22 - 0.253 8 -
200 K 0.07 - 0.34 - 0.22 - 0.263 8 -
201 H 0.07 - 0.32 - 0.20 - 0.253 8 -
202 A 0.08 - 0.28 - 0.15 - 0.250 9 -
203 L 0.08 - 0.35 - 0.15 - 0.253 8 -
204 D 0.09 - 0.43 - 0.19 - 0.263 8 -
205 F 0.11 - 0.41 - 0.18 - 0.263 8 -
206 I 0.12 - 0.45 - 0.18 - 0.253 8 -
207 H 0.15 - 0.59 D 0.23 - 0.270 8 -
208 H 0.18 - 0.59 D 0.40 - 0.290 7 -
209 F 0.22 - 0.58 D 0.24 - 0.283 7 -
210 N 0.27 - 0.63 D 0.37 - 0.293 7 -
211 E 0.27 - 0.66 D 0.53 - 0.313 6 -
212 G 0.28 - 0.68 D 0.44 - 0.313 6 -
213 K 0.26 - 0.70 D 0.46 - 0.323 6 -
214 E 0.26 - 0.71 D 0.50 - 0.323 6 -
215 F 0.20 - 0.70 D 0.56 - 0.303 7 -
216 P 0.21 - 0.69 D 0.37 - 0.293 7 -
217 P 0.24 - 0.69 D 0.28 - 0.280 7 -
218 C 0.14 - 0.66 D 0.28 - 0.263 8 -
219 A 0.14 - 0.58 D 0.19 - 0.263 8 -
220 I 0.15 - 0.52 D 0.19 - 0.263 8 -
221 E 0.11 - 0.47 D 0.22 - 0.270 8 -
222 V 0.11 - 0.34 - 0.26 - 0.273 8 -
223 Y 0.12 - 0.30 - 0.28 - 0.280 7 -
224 K 0.08 - 0.37 - 0.34 - 0.280 7 -
225 I 0.09 - 0.32 - 0.33 - 0.273 8 -
226 I 0.07 - 0.35 - 0.29 - 0.283 7 -
227 E 0.09 - 0.43 - 0.38 - 0.313 6 -
228 K 0.09 - 0.49 D 0.61 D 0.333 6 -
229 V 0.12 - 0.49 D 0.58 D 0.337 6 -
230 D 0.16 - 0.53 D 0.75 D 0.354 5 -
231 Y 0.14 - 0.52 D 0.84 D 0.343 5 -
232 P 0.12 - 0.57 D 0.84 D 0.313 6 -
233 R 0.13 - 0.66 D 0.59 D 0.303 7 -
234 D 0.15 - 0.69 D 0.70 D 0.310 6 -
235 E 0.10 - 0.71 D 0.59 D 0.293 7 -
236 N 0.12 - 0.71 D 0.62 D 0.303 7 -
237 G 0.17 - 0.67 D 0.44 - 0.293 7 -
238 E 0.22 - 0.60 D 0.40 - 0.283 7 -
239 I 0.17 - 0.53 D 0.36 - 0.270 8 -
240 A 0.16 - 0.38 - 0.30 - 0.260 8 -
241 A 0.19 - 0.29 - 0.22 - 0.253 8 -
242 I 0.16 - 0.28 - 0.24 - 0.263 8 -
243 I 0.22 - 0.33 - 0.24 - 0.263 8 -
244 H 0.25 - 0.34 - 0.34 - 0.293 7 -
245 P 0.14 - 0.48 D 0.41 - 0.323 6 -
246 N 0.16 - 0.53 D 0.30 - 0.343 5 -
247 L 0.16 - 0.58 D 0.53 - 0.343 5 -
248 Q 0.16 - 0.61 D 0.71 D 0.374 4 -
249 D 0.22 - 0.64 D 0.59 D 0.354 5 -
250 Q 0.30 - 0.64 D 0.51 - 0.364 5 -
251 D 0.34 - 0.62 D 0.52 - 0.333 6 -
252 W 0.33 - 0.52 D 0.65 D 0.313 6 -
253 K 0.22 - 0.58 D 0.68 D 0.283 7 -
254 P 0.21 - 0.58 D 0.63 D 0.283 7 -
255 L 0.18 - 0.54 D 0.45 - 0.263 8 -
256 H 0.16 - 0.68 D 0.27 - 0.263 8 -
257 P 0.18 - 0.69 D 0.28 - 0.273 8 -
258 G 0.19 - 0.57 D 0.21 - 0.270 8 -
259 D 0.28 - 0.54 D 0.16 - 0.290 7 -
260 P 0.25 - 0.54 D 0.23 - 0.270 8 -
261 M 0.19 - 0.40 - 0.24 - 0.273 8 -
262 F 0.16 - 0.34 - 0.29 - 0.253 8 -
263 L 0.13 - 0.37 - 0.30 - 0.253 8 -
264 T 0.10 - 0.46 - 0.20 - 0.242 9 -
265 L 0.14 - 0.56 D 0.20 - 0.253 8 -
266 D 0.13 - 0.61 D 0.20 - 0.263 8 -
267 G 0.11 - 0.62 D 0.26 - 0.280 7 -
268 K 0.10 - 0.60 D 0.34 - 0.283 7 -
269 T 0.10 - 0.60 D 0.40 - 0.273 8 -
270 I 0.08 - 0.46 - 0.41 - 0.250 9 -
271 P 0.07 - 0.43 - 0.35 - 0.250 9 -
272 L 0.12 - 0.46 - 0.29 - 0.242 9 -
273 G 0.10 - 0.53 D 0.18 - 0.242 9 -
274 G 0.08 - 0.52 D 0.19 - 0.250 9 -
275 D 0.05 - 0.62 D 0.19 - 0.253 8 -
276 C 0.06 - 0.68 D 0.15 - 0.263 8 -
277 T 0.10 - 0.59 D 0.16 - 0.263 8 -
278 V 0.08 - 0.52 D 0.17 - 0.263 8 -
279 Y 0.09 - 0.33 - 0.20 - 0.242 9 -
280 P 0.10 - 0.27 - 0.17 - 0.242 9 -
281 V 0.12 - 0.23 - 0.21 - 0.242 9 -
282 F 0.12 - 0.18 - 0.17 - 0.253 8 -
283 V 0.09 - 0.24 - 0.16 - 0.263 8 -
284 N 0.05 - 0.28 - 0.23 - 0.303 7 -
285 E 0.06 - 0.39 - 0.28 - 0.384 4 -
286 A 0.09 - 0.35 - 0.46 - 0.404 3 -
287 A 0.08 - 0.43 - 0.72 D 0.418 3 -
288 Y 0.08 - 0.37 - 0.79 D 0.374 4 -
289 Y 0.09 - 0.55 D 0.61 D 0.354 5 -
290 E 0.10 - 0.41 - 0.49 - 0.333 6 -
291 K 0.10 - 0.50 D 0.65 D 0.323 6 -
292 K 0.07 - 0.47 D 0.66 D 0.323 6 -
293 E 0.07 - 0.36 - 0.79 D 0.333 6 -
294 A 0.06 - 0.29 - 0.95 D 0.354 5 -
295 F 0.08 - 0.27 - 0.82 D 0.333 6 -
296 A 0.09 - 0.32 - 0.70 D 0.323 6 -
297 K 0.09 - 0.42 - 0.41 - 0.343 5 -
298 T 0.08 - 0.42 - 0.36 - 0.343 5 -
299 T 0.10 - 0.51 D 0.36 - 0.414 3 -
300 K 0.09 - 0.54 D 0.64 D 0.455 2 -
301 L 0.09 - 0.48 D 0.70 D 0.394 4 -
302 T 0.15 - 0.55 D 0.43 - 0.404 3 -
303 L 0.15 - 0.48 D 0.46 - 0.374 4 -
304 N 0.12 - 0.48 D 0.34 - 0.374 4 -
305 A 0.13 - 0.47 D 0.19 - 0.374 4 -
306 K 0.22 - 0.55 D 0.19 - 0.384 4 -
307 S 0.07 - 0.53 D 0.18 - 0.434 2 -
308 I 0.07 - 0.41 - 0.23 - 0.424 3 -
309 R 0.07 - 0.37 - 0.21 - 0.414 3 -
310 C 0.11 - 0.60 D 0.19 - 0.414 3 -
311 C 0.14 - 0.67 D 0.14 - 0.394 4 -
312 L 0.15 - 0.72 D 0.13 - 0.424 3 -
313 H 0.44 - 0.80 D 0.13 - 0.485 1 -
Key for output
----------------
Number - residue number
Residue - amino-acid type
NORSnet - raw score by NORSnet (prediction of unstructured loops)
NORS2st - two-state prediction by NORSnet; D=disordered
PROFbval - raw score by PROFbval (prediction of residue flexibility from sequence)
Bval2st - two-state prediction by PROFbval
Ucon - raw score by Ucon (prediction of protein disorder using predicted internal contacts)
Ucon2st - two-state prediction by Ucon
MD - raw score by MD (prediction of protein disorder using orthogonal sources)
MD_rel - reliability of the prediction by MD; values range from 0-9. 9=strong prediction
MD2st - two-state prediction by MD
Prediction of transmembrane alpha-helices and signal peptides
TMHMM
Since the VM version could not be made to work, we used the server at http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/.
# sp_P45381_ACY2_HUMAN Length: 313 # sp_P45381_ACY2_HUMAN Number of predicted TMHs: 0 # sp_P45381_ACY2_HUMAN Exp number of AAs in TMHs: 0.2005 # sp_P45381_ACY2_HUMAN Exp number, first 60 AAs: 0.01618 # sp_P45381_ACY2_HUMAN Total prob of N-in: 0.03827 sp_P45381_ACY2_HUMAN TMHMM2.0 outside 1 313
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/TMHMM2.0.guide.html#output
Phobius & PolyPhobius
OCTOPUS & SPOCTOPUS
No transmembrane regions were predicted by both methods.
SignalP
HMM
Neural Network
TargetP
### targetp v1.1 prediction results ################################## Number of query sequences: 1 Cleavage site predictions not included. Using NON-PLANT networks. Name Len mTP SP other Loc RC ---------------------------------------------------------------------- sp_P45381_ACY2_HUMAN 313 0.073 0.109 0.898 _ 2 ---------------------------------------------------------------------- cutoff 0.000 0.000 0.000
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP-1.1/output.php
Prediction of GO terms
GOPET
| GOid | Aspect | Confidence | GO Term |
|---|---|---|---|
| GO:0016787 | F | 96% | hydrolase activity |
| GO:0004046 | F | 82% | aminoacyclase activity |
| GO:0019807 | F | 82% | aspartoacyclase activity |
| GO:0016788 | F | 81% | hydrolase activity acting on ester bonds |
Pfam
ProtFun 2.2
...
