Task6-MSUP-journal
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PSI-BLAST - PSSM
Command:
blastpgp -i ref_seq_BCKDHA.fas -d /mnt/project/rost_db/data/big/big -j 5 -Q BCKDHA.pssm -o blast.out
Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -3 0 3 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0 63 0 0 0 0 0 0 10 1.00 inf 2 A 3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 2 3 1 -4 -3 -2 39 0 2 0 0 0 0 8 0 0 2 0 0 0 8 31 10 0 0 0 0.46 inf 3 V 1 1 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 1 1 -1 0 1 1 1 -1 -3 -1 1 17 13 0 0 0 0 0 0 0 10 19 0 0 9 7 13 2 0 0 11 0.13 inf 4 A 1 -1 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -3 0 2 -2 0 -1 2 2 0 -3 -2 0 17 3 0 0 0 2 0 0 0 1 31 0 0 1 12 24 4 0 0 5 0.25 inf 5 I -1 3 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -2 2 2 -1 0 2 -3 -1 -1 -3 -1 0 5 30 0 0 0 1 0 3 0 17 24 1 1 10 0 6 1 0 0 1 0.24 inf 6 A 0 2 0 -2 -1 0 0 -1 0 0 0 1 -1 -2 -1 2 1 -3 -1 -1 9 19 2 0 1 1 3 4 3 6 10 8 0 0 1 25 7 0 1 0 0.15 inf 7 A 2 1 -2 -2 1 0 0 0 -2 -1 -1 -1 0 -3 1 1 1 -3 -3 -1 31 11 0 0 3 3 8 6 0 2 6 0 4 0 7 11 9 0 0 1 0.19 inf 8 A 0 1 0 -2 1 -2 -2 -1 -2 0 -2 -1 -2 -3 5 1 1 -4 -3 0 10 11 4 0 3 0 0 5 0 8 1 2 0 0 30 10 8 0 0 9 0.41 inf 9 R 2 4 -1 -3 2 0 -2 -2 -2 0 0 1 -1 -3 0 -1 -1 -3 -2 0 23 32 2 0 6 2 0 0 0 5 10 5 0 0 4 1 3 0 0 5 0.27 inf 10 V -2 -1 -3 -4 2 -3 -3 -1 -3 2 2 -3 2 2 -2 -2 -2 0 -1 2 0 3 0 0 6 0 0 5 0 13 27 0 6 12 2 3 0 1 0 23 0.27 inf 11 W 1 2 -2 -2 0 -1 -2 0 1 0 0 -1 -1 -2 -2 1 0 4 0 -1 18 15 0 1 2 1 0 5 4 7 14 0 0 0 1 16 5 8 2 1 0.15 inf 12 R 0 4 0 -2 -3 1 1 1 2 -2 -1 0 -2 -3 1 -1 -1 -4 -2 -2 8 31 4 0 0 4 8 13 7 3 7 3 0 0 6 2 2 0 0 1 0.25 inf 13 L 0 0 -2 -2 -2 -1 -2 -2 1 0 1 -1 1 -2 2 2 0 2 -1 0 6 6 0 0 0 2 0 2 6 7 18 2 5 0 10 22 3 3 1 8 0.13 inf 14 N 1 1 1 0 -1 0 -1 0 -2 -2 0 0 -1 -3 2 2 1 -3 -2 -1 9 9 9 4 1 3 0 4 0 0 10 5 0 0 11 20 10 0 1 4 0.17 inf 15 R 0 5 0 -2 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -3 -1 8 43 3 0 1 7 0 3 1 5 4 2 0 0 1 12 4 0 0 3 0.40 inf 16 G 0 0 -1 -2 -3 -1 -2 3 3 -2 -2 0 -2 -2 3 1 -1 -4 -2 -1 7 4 2 0 0 2 0 28 9 1 3 5 1 2 16 14 2 0 0 5 0.33 inf 17 L 1 1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 0 0 2 -2 1 1 0 -1 -1 0 0 1 13 9 0 2 0 2 3 2 3 3 31 0 2 9 4 2 1 1 1 12 0.10 inf 18 S 0 3 -1 -2 -2 2 -1 -1 2 -2 -1 0 -1 -2 1 2 1 -3 -1 -1 8 19 1 0 1 12 0 4 8 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1 0 0 -1 -1 -1 -1 0 -2 -1 -1 0 -1 -1 3 2 1 -3 -2 0 15 6 4 3 1 1 1 7 0 1 7 4 2 2 15 18 8 0 0 6 0.18 inf 29 G 2 1 -1 -2 0 -1 -1 2 -1 -1 -1 -1 0 -1 -2 1 0 -3 -2 0 24 10 2 1 2 2 1 16 1 5 4 2 4 3 1 14 6 0 0 5 0.14 inf 30 A 1 0 2 -1 -2 1 0 1 0 -1 -1 0 0 -3 0 1 1 -3 -2 0 15 3 13 1 0 8 3 10 2 4 4 4 2 0 3 14 7 0 0 7 0.12 inf 31 R 0 3 0 -2 2 0 -1 -1 1 -1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 -1 6 22 3 1 5 3 1 3 3 1 15 4 1 3 5 11 3 1 5 2 0.11 inf 32 G -1 0 1 -2 -1 -1 -2 2 -1 -2 -1 -1 -2 -3 4 1 1 1 -2 -1 2 8 6 0 1 1 1 20 1 1 6 2 0 0 20 13 9 3 1 5 0.30 inf 33 L 1 -1 -1 -2 -2 0 1 -2 -2 -1 1 -1 -1 -1 3 1 1 -3 -2 -1 12 3 1 0 0 3 9 1 1 3 19 3 1 2 19 10 12 0 1 2 0.23 inf 34 A 1 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -1 2 -2 0 0 3 1 0 -1 -2 -1 18 0 1 0 1 1 2 1 2 2 34 1 1 3 14 11 6 1 0 1 0.26 inf 35 R 0 5 -1 -2 -3 0 0 -2 -1 -3 -2 1 -2 -3 -3 1 -1 0 -2 -2 7 47 2 0 0 3 3 2 1 1 4 7 0 1 1 15 2 1 1 2 0.54 inf 36 S 0 -1 -2 -1 0 -1 -1 -2 -1 -1 2 -1 0 0 3 2 0 -3 -2 -1 5 4 1 3 2 1 2 2 2 2 28 2 1 3 15 20 7 0 0 2 0.21 inf 37 H 0 -1 0 0 -1 -1 0 -2 7 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -1 0 1 1 0 7 3 3 5 1 2 6 1 38 1 3 1 0 2 1 4 7 2 5 7 0.51 inf 38 P 1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 -1 -1 -1 3 0 -1 -4 -2 3 11 7 2 1 1 1 2 3 1 4 2 3 0 3 18 9 2 0 0 30 0.25 inf 39 P -2 3 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -4 5 1 0 1 -3 -1 1 20 2 2 1 0 4 2 0 2 5 2 0 0 35 11 6 2 0 4 0.61 inf 40 R 0 3 -1 -1 -3 2 4 -1 0 -3 -2 0 -1 -1 -1 0 0 -3 -2 -1 6 18 2 0 0 11 31 3 2 0 2 1 1 4 2 8 4 0 0 4 0.33 inf 41 Q 0 -1 -2 -1 -3 2 -1 -2 -3 -2 -2 -1 -3 -4 6 1 -1 -4 -3 -2 6 3 0 3 0 14 2 1 0 2 3 1 0 0 43 15 3 0 0 3 0.82 inf 42 Q 0 0 -1 -2 -1 4 0 -2 -1 -1 -2 0 1 0 1 2 0 -3 -2 -1 7 2 1 1 1 28 4 2 1 3 2 5 5 4 6 18 6 0 0 5 0.25 inf 43 Q 0 1 -1 -1 -1 3 2 1 -1 -2 -2 0 -2 0 -1 1 0 0 -1 -1 8 10 2 1 1 18 14 10 1 2 2 4 0 6 1 9 4 1 2 5 0.15 inf 44 Q -1 5 0 -1 -4 2 2 -2 0 -3 -2 1 -2 -3 2 0 -2 -4 -3 -3 5 38 3 2 0 11 13 2 2 1 3 4 0 1 9 6 1 0 0 0 0.51 inf 45 F 0 -3 -1 -2 -3 -1 -2 -3 1 -1 -1 -2 -2 4 5 -2 -2 -1 1 -1 8 0 3 1 0 2 2 1 4 2 6 1 0 21 37 1 1 1 5 5 0.68 inf 46 S 0 0 -1 -1 -1 -1 -2 4 0 -3 -4 -1 -3 -3 1 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