Difference between revisions of "PSSM of close homologous sequences"
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Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed per |
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PSI Ungapped 0.1372 0.3199 |
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PSI Gapped 0.0420 0.2670 |
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Latest revision as of 09:02, 17 June 2012
Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed per
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
1 M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -3 -2 -1 -1 -1 1
2 E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
3 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
4 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
5 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
6 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
7 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
8 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
9 E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
10 E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
11 C 0 -3 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1
12 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
13 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
14 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
15 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
16 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
17 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
18 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4
19 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
20 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
21 M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -3 -2 -1 -1 -1 1
22 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
23 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
24 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
25 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
26 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
27 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
28 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
29 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
30 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
31 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
32 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
33 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
34 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4
35 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
36 W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 11 2 -3
37 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
38 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
39 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
40 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
41 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
42 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
43 C 0 -3 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1
44 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
45 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
46 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
47 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
48 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
49 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
50 Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1
51 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
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53 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4
54 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4
55 C 0 -3 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1
56 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4
57 C 0 -3 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1
58 N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3
59 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
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64 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
65 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
66 D -2 -2 1 6 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3
67 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
68 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
69 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
70 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
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72 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
73 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
74 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
75 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
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78 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
79 Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1
80 E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
81 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
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88 M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -3 -2 -1 -1 -1 1
89 E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
90 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
91 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
92 M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -3 -2 -1 -1 -1 1
93 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
94 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
95 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
96 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
97 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
98 N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3
99 H -2 0 1 -1 -3 0 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3
100 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
101 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
102 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
103 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
104 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
105 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
106 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
107 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
108 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
109 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
110 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
111 E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
112 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
113 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
114 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
115 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
116 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
117 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4
118 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
119 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
120 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
121 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
122 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
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124 M -1 -1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 1 2 -1 5 0 -3 -2 -1 -1 -1 1
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126 D -2 -2 1 6 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3
127 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
128 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
129 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
130 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
131 N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3
132 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
133 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
134 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
135 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
136 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
137 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
138 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
139 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
140 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
141 N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3
142 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
143 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
144 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
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148 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
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156 N -2 0 6 1 -3 0 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 1 0 -4 -2 -3
157 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
158 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
159 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
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169 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
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173 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
174 Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1
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320 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
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322 D -2 -2 1 6 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3
323 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
324 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
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328 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
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338 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
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511 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
512 K -1 2 0 -1 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 5 -1 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
513 D -2 -2 1 6 -4 0 2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3
514 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
515 A 4 -1 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0
516 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -3 3 1 -2 1 -1 -2 -2 0 -3 -1 4
517 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
518 F -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 -3 0 6 -4 -2 -2 1 3 -1
519 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
520 E -1 0 0 2 -4 2 5 -2 0 -3 -3 1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -2 -2
521 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
522 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
523 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
524 P -1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2
525 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -3 -3 -3
526 Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1
527 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 4 1 -3 -2 -2
528 I -1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -3 4 2 -3 1 0 -3 -2 -1 -3 -1 3
529 H -2 0 1 -1 -3 0 0 -2 8 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 2 -3
530 T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -1 1 5 -2 -2 0
531 Y -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -1 3 -3 -2 -2 2 7 -1
532 L -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -2 2 0 -3 -2 -1 -2 -1 1
533 W -3 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 11 2 -3
534 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
535 R -1 6 0 -2 -3 1 0 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3
536 Q -1 1 0 0 -3 5 2 -2 0 -3 -2 1 0 -3 -1 0 -1 -2 -1 -2
K Lambda
Standard Ungapped 0.1359 0.3206
Standard Gapped 0.0410 0.2670
PSI Ungapped 0.1372 0.3199
PSI Gapped 0.0420 0.2670
