Difference between revisions of "Secondary Structure Prediction BCKDHA"
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(→3. Prediction of transmembrane alpha-helices and signal peptides) |
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+ | |REGION||1||10||N-REGION |
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+ | !colspan="4"|sp|P05067|A4_HUMAN |
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+ | |SIGNAL||1||17|| |
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+ | |- |
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+ | |REGION||1||1||N-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||2||12||H-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||13||17||C-REGION |
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+ | |- |
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+ | |TOPO_DOM||18||700||NON CYTOPLASMIC |
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+ | |- |
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+ | |TRANSMEM||701||723|| |
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+ | |TOPO_DOM||724||770||CYTOPLASMIC |
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+ | |} |
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+ | </tt> |
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+ | <tt> |
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+ | {| |
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+ | !colspan="4"|sp|P02753|RET4_HUMAN |
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+ | |SIGNAL||1||18|| |
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+ | |- |
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+ | |REGION||1||2||N-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||3||13||H-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||14||18||C-REGION |
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+ | |TOPO_DOM||19||201||NON CYTOPLASMIC |
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=== Polyphobius === |
=== Polyphobius === |
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!colspan="4"| sp|P02945|BACR_HALSA |
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+ | |TOPO_DOM||1||21||NON CYTOPLASMIC. |
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− | | TOPO_DOM |
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− | | 1 |
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− | | 21 |
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− | |TRANSMEM |
+ | |TRANSMEM||22||43|| |
− | | 22 |
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− | | 43 |
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− | |TOPO_DOM |
+ | |TOPO_DOM||44||54||CYTOPLASMIC. |
− | |44 |
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− | |54 |
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− | |CYTOPLASMIC. |
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− | |TRANSMEM |
+ | |TRANSMEM||55||77|| |
− | |55 |
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− | |77 |
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− | |TOPO_DOM |
+ | |TOPO_DOM||78||94||NON CYTOPLASMIC. |
− | |78 |
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− | |94 |
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− | |NON CYTOPLASMIC. |
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− | |TRANSMEM |
+ | |TRANSMEM||95||114|| |
− | |95 |
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− | |114 |
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− | |TOPO_DOM |
+ | |TOPO_DOM||115||120||CYTOPLASMIC. |
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− | |120 |
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− | |CYTOPLASMIC. |
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− | |TRANSMEM |
+ | |TRANSMEM||121||141|| |
− | |121 |
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− | |141 |
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− | | TOPO_DOM |
+ | | TOPO_DOM||142||147||NON CYTOPLASMIC. |
− | |142 |
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− | |147 |
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− | |NON CYTOPLASMIC. |
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− | | |
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|- |
|- |
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− | |TRANSMEM |
+ | |TRANSMEM||148||166|| |
− | | 148 |
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− | |166 |
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− | | |
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|- |
|- |
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− | |TOPO_DOM |
+ | |TOPO_DOM||167||186||CYTOPLASMIC. |
− | |167 |
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− | |186 |
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− | | CYTOPLASMIC. |
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|- |
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− | |TRANSMEM |
+ | |TRANSMEM||187||205|| |
− | |187 |
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− | |205 |
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− | | |
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− | | TOPO_DOM |
+ | | TOPO_DOM|| 206|| 215|| NON CYTOPLASMIC. |
− | | 206 |
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− | | 215 |
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− | | NON CYTOPLASMIC. |
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− | | TRANSMEM |
+ | | TRANSMEM ||216||237|| |
− | |216 |
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− | |237 |
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− | | |
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− | | TOPO_DOM |
+ | | TOPO_DOM||238||262||CYTOPLASMIC. |
+ | |} |
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− | |238 |
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+ | </tt> |
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− | |262 |
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− | |CYTOPLASMIC. |
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+ | <tt> |
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+ | {| |
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+ | !colspan="4"|sp|Q9Y5Q6|INSL5_HUMAN |
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+ | |- |
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+ | |SIGNAL||1||22|| |
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+ | |- |
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+ | |REGION||1||4||N-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||5||16||H-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||17||22||C-REGION |
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+ | |- |
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+ | |TOPO_DOM||23||135||NON CYTOPLASMIC |
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+ | |} |
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+ | </tt> |
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+ | |||
+ | <tt> |
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+ | {| |
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+ | !colspan="4"|sp|P11279|LAMP1_HUMAN |
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+ | |- |
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+ | |SIGNAL||1||28|| |
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+ | |- |
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+ | |REGION||1||9||N-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||10||22||H-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||23||28||C-REGION |
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+ | |- |
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+ | |TOPO_DOM||29||381||NON CYTOPLASMIC |
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+ | |- |
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+ | |TRANSMEM||382||405|| |
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+ | |- |
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+ | |TOPO_DOM||405||417||CYTOPLASMIC |
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+ | </tt> |
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+ | |||
+ | <tt> |
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+ | {| |
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+ | !colspan="4"|sp|P05067|A4_HUMAN |
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+ | |SIGNAL||1||17|| |
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+ | |- |
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+ | |REGION||1||3||N-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||4||12||H-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||13||17||C-REGION |
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+ | |- |
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+ | |TOPO_DOM||18||700||NON CYTOPLASMIC |
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+ | |- |
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+ | |TRANSMEM||701||723|| |
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+ | |- |
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+ | |TOPO_DOM||724||770||CYTOPLASMIC |
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+ | |} |
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+ | </tt> |
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+ | |||
+ | <tt> |
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+ | {| |
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+ | !colspan="4"|sp|P02753|RET4_HUMAN |
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+ | |SIGNAL||1||18|| |
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+ | |- |
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+ | |REGION||1||3||N-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||4||13||H-REGION |
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+ | |- |
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+ | |REGION||14||18||C-REGION |
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+ | |- |
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+ | |TOPO_DOM||19||201||NON CYTOPLASMIC |
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|} |
|} |
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Revision as of 15:03, 24 May 2011
Contents
1. Secondary structure prediction
2. Prediction of disordered regions
3. Prediction of transmembrane alpha-helices and signal peptides
Transmembrane topology and signal peptides are features that are likely to be conserved during evolution.
Phobius
Phobius predicted a signal peptide with about 90% probability at the beginning of the sequence. The predicted signal peptide is 34 amino acids long. The rest of the amino acid is a non cytoplasmic protein sequence. No part of the protein is predicted to be transmembrane spanning.
sp|P12694|ODBA_HUMAN (BCKDHA) | |||
---|---|---|---|
Signal | 1 | 34 | |
Region | 1 | 16 | N-Region |
Region | 17 | 25 | H-Region |
Region | 26 | 34 | C-Region |
TOPO_DOM | 35 | 445 | non cytoplasmic |
sp|P02945|BACR_HALSA | ||||
---|---|---|---|---|
TOPO_DOM | 1 | 22 | NON CYTOPLASMIC. | |
TRANSMEM | 23 | 42 | ||
TOPO_DOM | 43 | 53 | CYTOPLASMIC. | |
TRANSMEM | 54 | 76 | ||
TOPO_DOM | 77 | 95 | NON CYTOPLASMIC. | |
TRANSMEM | 96 | 114 | ||
TOPO_DOM | 115 | 120 | CYTOPLASMIC. | |
TRANSMEM | 121 | 142 | ||
TOPO_DOM | 143 | 147 | NON CYTOPLASMIC. | |
TRANSMEM | 148 | 169 | ||
TOPO_DOM | 170 | 189 | CYTOPLASMIC. | |
TRANSMEM | 190 | 212 | ||
TOPO_DOM | 213 | 217 | NON CYTOPLASMIC. | |
TRANSMEM | 218 | 237 | ||
TOPO_DOM | 238 | 262 | CYTOPLASMIC. |
sp|Q9Y5Q6|INSL5_HUMAN | |||
---|---|---|---|
SIGNAL | 1 | 22 | |
REGION | 1 | 5 | N-REGION |
REGION | 6 | 17 | H-REGION |
REGION | 18 | 22 | C-REGION |
TOPO_DOM | 23 | 135 | NON CYTOPLASMIC |
sp|P11279|LAMP1_HUMAN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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SIGNAL | 1 | 28 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REGION | 1 | 10 | N-REGION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REGION | 11 | 22 | H-REGION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
REGION | 23 | 28 | C-REGION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TOPO_DOM | 29 | 381 | NON CYTOPLASMIC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRANSMEM | 382 | 405 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TOPO_DOM | 405 | 417 | CYTOPLASMIC
Polyphobius
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